Согласно наиболее распространенной версии, фамилия Пронин произошла от мужского имени Проня. Как раз мужского а не женского, поскольку Проня является уменьшительно-ласкательным от имени Прохор.
Согласно еще одной версии, фамилия произошла от города Пронск, что находится на реке Проня.
И еще от имени Прохор, потом это изменилось на фамилию и первоначально имело такой вид: Прохнов, Прохорихин, Прошунин.
Есть также дополнительная информация, что фамилия Пронин является прототипом таких фамилий как Проничев, Проничкин, Пронкин, Пронов, Прончищев, Проняев.
Основоположник "Товарищество прохоровской трехгорной мануфактуры", В. И. Прохоров назвал всех с вышеперечисленными фамилиями "пламенными революционерами" в 1918 г.
Дополнительная информация про Прониных и многое другое здесь: